In MLS kan het menu, waar toegang geregeld wordt naar de verschillende onderdelen van het systeem, helemaal zelf samengesteld worden. Dit kan per school, stichtingsbreed of een combinatie ervan. Ook de terminologie kan volledig aangepast worden. Aan dit menu zijn rechten gekoppeld. Afhankelijk van de functie van de gebruiker krijgt deze toegang met leesrechten, schrijfrechten, of helemaal geen toegang natuurlijk.
Aan de rechterzijde een voorbeeld van hoe het onderdelenmenu eruit kan zien.